北大知识分子的灾难并没有随着武斗的结束而结束。工宣队、军宣队进校，姚文元发表《工人阶级必须领导一切》的极左文章，知识分子沦为继地、富、反、坏、右、叛、特、反之后排名第九的“臭老九”。9月下旬，工、军宣传队领导的全校清理阶级队伍运动开始。全校干部、教师被命令集中食宿，不得自由回家。在宣传队提出的“北大王八多得腿碰腿”的思想指导下，全校相继有900多人被重点审查。
周培源又住进了28楼。这次形势的主宰者，既非校文革，也不是“井冈山”。
离家之前，周培源安慰王蒂澂：“你放心吧，我没有什么问题，也不会去自杀。”
自杀的内涵并非就是软弱，当时在北大，自杀者屡见不鲜：
著名物理学家、教育界元老饶毓泰在宅中上吊自尽。
崔雄崑从清队集中地28楼出走，死在校内红湖游泳池内，他的幽魂与中文系学生沈达力为邻。
数学系教授董铁宝自杀而死。
原北大副校长，著名历史学家翦伯赞与夫人戴淑宛，不堪中央文革刘少奇专案组的威逼，以死完成了一个正直的“良史”的绝笔，悄然而净洁地离开了一片肃杀恐怖的人间。
…………
一时间，北大上吊者有之，投湖者有之，服毒者有之，跳楼者有之；最密集时，这边跳楼者血迹未干，尸体未僵，那边又有人从楼上纵身而下……。北大一时间阴气森森、鬼影憧憧。“牛棚”不止集中一处，各系均有“牛倌”，每到吃饭时，赶着一群大牛小牛、公牛母牛到食堂用餐，北大人人小心，个个惊颤。
由于过分紧张，在中文系的一次批判会上，一个喊口号的青年教员，错把“打倒刘少奇”喊成了“打倒毛泽东”，于是被当成“自己跳出来的现行反革命”，当场遭到批斗，并被关进了“牛棚”……
宣传队对聂元梓进行了“再教育”，对她的“资产阶级立场”和“腐朽的两面派作风”进行了严肃批评。
宣传队亦策划“井冈山兵团”总部成员造反，在全校万人大会上，以突然袭击方式，由原总部成员，将“反革命分子”侯汉清扭住胳膊，押上批判台。
知识分子都成了革命的对象。两派都灰溜溜。
周培源又一次住进了28楼，这一次是被当作“清理阶级队伍”的重点对象接受审查的。此次与上次不同，上一次还有“井冈山”的保护，本派学生的尊重与温情，而现在则被视为“真正的美国特务”。他所面对的是凶神恶煞，严厉无情。宣传队员的头脑简单质朴，与他们无法解释那一段历史。他上下厕所、排队吃饭都受人监护，周末也不能回家。如玲从武汉回家，听说父亲被关押在28楼，不顾“不许会客”的禁令，冲上三楼，见到了父亲。
如玲的意外而至，使周培源又惊讶又紧张。他警惕地环视着四周，没说别的，只是催促如玲赶紧回去。如玲脾气好拗，就是不动地方。周培源默默地用手指着校刊上的两条消息：一条是全校批判大会上把父亲作为美国特务点了名；另一条是崔雄崑自杀身亡。趁同房间的人出去的一刻，周培源指着崔雄崑的消息说：
“我不会这样的，让姆妈放心好了。”
停了一下，他又加了一句：
“如果我出了什么事，你就找人去吧。我相信群众，相信党。”
如玲强忍着眼中的泪水，安慰白发苍苍的阿爸：
“别急，都会好的。”
如玲心照不宣，父亲要他找的人就是周总理。
毛泽东生日的前一天，没有任何说明，“美国特务”周培源突然被释放回家。第二天，军宣队领导来周家“慰问”。军代表满脸笑容，问道：
“您身体好吗？”
“好。”
“您有什么困难吗？”
“没有。”
……
军代表甚是尴尬，无话找话，勉强坐了半个来小时，便悻悻地离去。如玲问阿爸，怎么连个应酬话都没有。周培源淡淡地回答：
“跟他们有什么好谈的？谈业务，他们不懂；谈运动，他们也不会跟我谈。所以无话。”说完，转身走进了书房。
北大文革，数十人的生命换来代价，左极而出现转机。1969年3月下旬，毛泽东主席派8341部队进驻北大，为北大运动纠偏。两派负责人各自进行旨在“消除派性、‘斗私批修’的“三忠于”讲用会，聂元梓在讲用中承认“支持武斗、指挥武斗”等问题，说道：“我利用职权，批准制造土枪、土炮、土手榴弹、土坦克，甚至派人搞枪支，为武斗升级作准备。为摧垮“井冈山”，大抓反动小集团，扣压工资、助学金，甚至断电、断粮，往28楼里灌水……还随意抓人、审讯、搞逼供信，打死人”。聂还承认掌权后，“对毛主席的批示，采取实用主义的态度。合我意的就执行，不合我意的就不执行，甚至歪曲，断章取义。”“在校文革中搞小圈圈，排斥异已，搞地下常委……来维护一派的利益，（校文革）变成了派文革”。侯汉清也作了讲用，讲了井冈山以恶对恶、以毒攻毒，歪曲毛主席革命路线，对毛主席和中央文革的批示采取实用主义态度等等。
全校上下都进行了这种“讲用”，使两派敌对情绪大大下降。7月1日晚，“8341”在东操场召开两派联合大会。孙蓬一代表校文革（原定聂元梓，因聂去市革委会开会，临时更换），张龙翔（后来继周培源任北大校长）代表教师，奚学瑶代表学生，在会上作了发言，实现了两派的大联合。
9月27日，北京大学革命委员会成立。“8341”部队政委杨德中任主任，副政委王连龙任副主任，周培源、聂元梓等人也都担任了副主任。
北大的文革风云，由于两派的联合和革命委员会的成立而偃旗息鼓。然而，余音袅袅，让人们深思，让人们叹息。
清华的元老，著名的物理学家叶企孙，因“熊大缜案件”而被怀疑是国民党CC特务，中央文革企图由此入手，打倒当时任冀中解放军司令员的吕正操。他被捕入狱一年有余，遭受各种非人待遇。1969年出狱时，一身罹病，每月只得50元的生活费，孤苦一身，无人照顾，身穿捡来的学生的旧衣和布鞋，弓着腰，沉重地一步一挪，无处可去，常像乞丐般流落在海淀的小街上。他找过周培源，周亦因无能为力而深深叹息。1977年叶企孙在贫病交迫中逝世，在追悼会上，周培源致悼词，在当时的环境下，无法为叶企孙做一客观公正的盖棺论定，周培源对此深以为憾。
叶企孙百年诞辰时，奇冤昭雪，经127名海内外学者呼吁，清华大学为其树立了铜像，前半生辉煌、后半生坎坷，铸成了永远的纪念和忏悔。
担任了北京市革委会副主任、北京大学革委会副主任，又是“九大”中央候补委员的聂元梓，并没有满足她的政治上的野心，而是在七十年代夏天的庐山会议上紧跟林彪、陈伯达，大闹庐山。她学着陈伯达的腔调说：“反革命分子听到不设国家主席，手舞足蹈！”并且和陈伯达一样，引经据典，大讲“天才”。到了1971年“批陈整风”运动中，她又摇身一变，写信给康生认错表忠心，老奸巨滑的康生，怎能接受如此浅薄的戏弄？他在信封上批道：“请看这个两面派！”并将这封信转给了北大军宣队。聂元梓从此失宠，成了丧家的乏走狗。“成也萧何，败也萧何”，文革画了一个大圆圈，从起点回到了终结，由康生这个大“两面派”抬举起来的小“两面派”，终究又由大“两面派”终结了小“两面派”，历史真会与人开玩笑！文革逸事颇多，如此精彩段落则不可不记。
有一次，周培源陪同周总理接见欧洲某国外宾，谈话中说起该国外宾翌日将要访问北大，顿时触动了周恩来长期压抑在心底的话，他神情极为严肃地说：
“北大有个最坏最坏的女人。”
周培源面对周恩来异常的表情，一下子发了懵，眼前一片茫然，竟然不解周恩来说的是谁，回家向夫人、女儿和客人念叨，顿时会客室里响起了一片哄笑，夫人嘴快，奚落他道：
“你真是榆木脑瓜不开窍，周总理说的不就是聂元梓嘛！……”
这又是一段趣事！让人发笑，让人不解，可又实实在在地发生过。樊立勤、何爱玲与笔者在场。
1978年4月19日，聂元梓、孙蓬一等人被押上了批判台，接受北大以及北大以外的许多人的批判，批判者之中有一人人们耳熟能详，那就是被聂元梓残酷迫害受伤致残的樊立勤。当天，聂、孙被依法逮捕锒铛入狱。一个狂女，一个狂徒，终于遭到了法律应有的惩罚。诗云：“江山如有待，历史本无私”，信然。
若干年后，孙蓬一刑满获释，狱中辛苦，可想而知，时光的淘洗，洗净了他身上的“英雄”气。一个“铁血宰相”全然丧失了当年勇争狠斗、刚毅果敢的气概，且因被开除了公职、生活无靠而丧魂落魄、彷彷徨徨，痴痴呆呆，当年的“战友”绝大多数离他远去，他整日凄惶，无枝可依。
正在凄惶之时，哲学系原“井冈山”的几个留校教员邀请了他。他们在北大的一家小饭馆里为他压惊接风。孙蓬一指着一桌菜肴期期艾艾地询问道：
“这些菜我都能吃么？”
“这是专为你上的菜，你可劲地吃吧！”
于是，风卷残云一般，满桌酒菜，顿成狼籍。
事后，这些教员，又为他凑了900多元钱，送到了一贫如洗的家里。孙蓬一再也忍耐不住了，“扑通”一声，跪倒在地……
当年，被父母期望为山东蓬莱第一的汉子，终于良知复归，人性渐萌。他在妻子的陪同下，去看望已经阔别多年并一度视为仇敌的老朋友杨克明。此时的杨克明，虽然身体健朗，但已年过花甲，满头乌发已被沧桑岁月漂洗得白如霜雪，对昔日荣辱已感茫然，意外地见到过去的友人来访，也难免勾起往日的情怀，不禁悲喜交集。富贵如浮云，浮生若梦，于人生而言，纯真的情感和无功利的友谊，弥足珍贵，最应珍惜。为了追求一时的功利，伤害了自已的好友，不惜追随那样的坏女人，孙蓬一又一次良心发现，终于忍耐不住，“扑通”一声，跪倒在地……
十一届三中全会以后，周培源以一句话概括了北大文化革命的历史轨迹，他说：“聂元梓是以极左反‘左’”。
注1：《新北大》报1967年2月7日：《北京大学“井冈山”、“红联军”一小撮反动头目的丑恶嘴脸》。
注2：周培源：《致聂元梓同志和校文革全体常委的公开信》。
注3:1996年江苏文艺出版社《季羡林自传.记周培源先生》。
注4：《新北大》报1967年10月12日四版。
注5：同上。
注6：《新北大》1967年10月25日四版。
注7：同上。
注8：《新北大》1968年6月7日